原因はどうやら、flv形式のファイルが「Media」として認識されていない（？）ことが問題のようでした。

/plugin/flvplayer/flvPlayer.js の 227行目
function BrowseServer()
{
OpenServerBrowser(
‘flv’,
oEditor.FCKConfig.LinkBrowserURL,
oEditor.FCKConfig.LinkBrowserWindowWidth,
oEditor.FCKConfig.LinkBrowserWindowHeight ) ;
}

上記のように、MediaBrowser だった部分を LinkBrowser に変更したらファイルマネージャの画面が開けました。
応急処置になってしまいますが、当面はこれで運用いたします。
どうもありがとうございます。

XOOPS設置URL/common/fckeditor/editor/plugins/ へ flvPlayerのフォルダをコピー

/commmon/fckeditor/fckconfig.js を変更する

98行目に’flvPlayer’を追加
['Image','Flash','flvPlayer','Table','Rule','Smiley','SpecialChar','PageBreak','UniversalKey'],

最終行へ追加

FCKConfig.Plugins.Add( 'flvPlayer','en,ja') ;


FCKConfig.Plugins.Addの行が入っていないと「未知のツールバー項目 “flvPlayer”」というダイアログボックスが表示されます。

基本的にこれだけの設定ですので、もう一度確認してください。

あと考えられるのが、変更しても変わらない場合にブラウザのキャッシュが呼び込まれていて変更が反映していない場合があります。
ブラウザのキャッシュをクリアするか、シフトキーを押しながらリロードするとブラウザのキャッシュを使わずに読み込むので変更が反映すると思います。

が、「Movie/Media File（日本語では動画／メディアファイル）」のブラウズボタンをクリックすると、Not Found となってしまいます。その下の「Preview Image」は画像一覧が問題なく表示されました。

解決方法に心当たりがございましたら、アドバイスいただけると幸いです。どうぞよろしくお願いいたします。